Mohamad Kholil, S.S., M.S.I., lahir di Indramayu, Jawa Barat, pada 31 Maret 1982 sebagai putera ke 4 dari 7 bersaudara dari pasangan kedua orangtua yang berkultur pesantren: (alm.) KH. Ahmad Rifa’i dan Ny. Hj. Robi’ah. Riwayat pendidikan formalnya dimulai dari bangku Sekolah Dasar pada tahun 1988 di desa tempat kelahirannya, Dukuhjeruk. Kemudian ia melanjutkan pendidikannya ke MTsN Babakan Ciwaringin Cirebon (1994-1997), lalu ke SMA A Wahid Hasyim di Tebuireng Jombang Jawa Timur (1997-2000). Lulus dari SMA, ia masuk perguruan tinggi di UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta pada Jurusan Bahasa dan Sastra Arab hingga meraih gelar Sarjana Sastra di tahun 2005. Adapun gelar Magister Studi Islam (MSI) ia raih di tahun 2010 pada perguruan tinggi yang sama (atas beasiswa penuh dari Direktorat PAIS Kementerian Agama RI), lulus dengan predikat Cumlaude. Saat ini, ia kembali meraih beasiswa untuk menempuh Program Doktor di UIN Sunan Gunung Djati Bandung. Selain menempuh pendidikan formal, ia juga mengenyam pendidikan pesantren di Babakan Ciwaringin Cirebon (1994-1997) dan Tebuireng Jombang Jawa Timur (1997-2000).