Keberadaan IAIN (Institut Agama Islam Negeri) di Padang, Sumatera Barat, diawali degan perubahan status Fakultas Agama Islam Jurusan Tarbiyah (milik Yayasan Imam Bonjol) menjadi fakultas Tarbiyah Padang, cabang dari IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Fakultas Tarbiyah ini diresmikan berdirinya pada 1 Oktober 1963 berdasarkan SK menteri Agama RI No. 29 tahun 1963 tertanggal 21 September 1963. Tiga tahun kemudian, pada saat berdirinya IAIN Imam Bonjol Padang, Fakultas Tarbiyah tersebut dilepaskan dari IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta, dan menjadi bagian dari IAIN Imam Bonjol Padang.

IAIN Imam Bonjol Padang diresmikan berdirinya pada 29 November 1966, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI No. 77/1966 tertanggal 21 November 1966. Dengan Surat keputusan Menteri Agama itulah IAIN Imam Bonjol baru memiliki empat Fakultas yaitu Tarbiyahdi Padang, Fakultas Ushuluddin di Padang Panjang, Fakultas Syarih di Bukit Tinggi dan Fakultas Adab di Payakumbuh.

Dalam beberapa tahun kemudian IAIN Imam Bonjol semakin bertambah jumlah fakultasnya yakni bertambah dengan Fakultas Tarbiyah (pada 1968) dan Fakultas Ushuluddin (pada 1970) di Padang Sidempuan (Sumatera Utara) sebagai cabang dari IAIN Imam Bonjol, Fakultas Dakwah di Solok (pada 1968), dan Fakultas Tarbiyah di Batusangkar (pada 1971). Pada tahun 1973 kedua fakultas d Padang Sidempuan bergabung dengan IAIN Sumatera Utara.

Sejak tahun 1976, lima fakultas (Adab, Dakwah, Syariah, Tarbiyah dan Ushuluddin) sudah dipusatkan di Padang, sebagai ibu kota provinsi Sumatera Barat, tapi keberadaan fakultas Syariah di Bukittinggi dan Fakultas Tarbiyah di Batusangkar masih dipertahankan sebagai dua fakultas cabang. Sejak tahun 1997, setelah pemerintahan melepas semua fakultas-fakultas cabang dari IAIN, dan meresmikan berdirinya 33 STAIN (Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri) di Indonesia, fakultas cabang di Batusangkar berubah status menjadi STAIN Mahmud Yunus Batusangkar dan fakultas cabang di bukittinggi berubah status menjadi STAIN Syekh Jamil Jambek Bukittinggi. Sejak itulah IAIN Imam Bonjol Padang, sebagai salah satu dari 14 IAIN di Indonesia hanya memiliki lima fakultas di Padang, dan sedang berupaya menjadi lembaga pendidikan yang unggul dalam melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi terutama dalam bidang-bidang ilmu keislaman.