Pendirian IAIN Sejak berdirinya sampai saat ini, IAIN Salatiga telah melewati sejarah yang cukup panjang, dan mengalami beberapa kali perubahan kelembagaan. Pendirian lembaga ini, bermula dari cita-cita masyarakat Islam Salatiga untuk memiliki Perguruan Tinggi Islam. Oleh karena itu didirikanlah Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) “Nahdlatul Ulama” di Salatiga. Lembaga ini menempati gedung milik Yayasan “Pesantren Luhur”, yang berlokasi di Jalan Diponegoro Nomor 64 Salatiga. Lembaga ini berdiri berkat dukungan dari berbagai pihak, khususnya para ulama dan pengurus Nahdlatul Ulama Jawa Tengah. Dalam rentang waktu kurang setahun, lembaga ini diubah dari FIP IKIP menjadi Fakultas Tarbiyah. Maksud perubahan tersebut adalah agar lembaga ini dapat dinegerikan bersamaan dengan persiapan berdirinya IAIN Walisongo Jawa Tengah di Semarang. Guna memenuhi persyaratan formal, maka dibentuklah panitia pendiri yang diketuai oleh K.H. Zubair dan sekaligus diangkat sebagai Dekannya.

Dalam waktu yang bersamaan dengan proses pendirian IAIN Walisongo Jawa Tengah di Semarang, Fakultas Tarbiyah Salatiga diusulkan untuk dinegerikan sebagai cabang IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Setelah dilakukan peninjauan oleh Tim Peninjau yang dibentuk IAIN Sunan Kalijaga, akhirnya pembinaan dan pengawasan Fakultas Tarbiyah Salatiga diserahkan padanya. Keputusan ini didasarkan pada Surat Menteri Agama c.q. Direktorat Pembinaan Perguruan Tinggi Agama Islam Nomor Dd/PTA/3/1364/69 tanggal 13 November 1969.

Ketika IAIN Walisongo Jawa Tengah di Semarang berdiri, Fakultas Tarbiyah Salatiga mendapatkan status negeri, dan menjadi cabang IAIN Walisongo. Penegerian Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo tersebut berdasarkan SK Menteri Agama Nomor 30 Tahun 1970 tanggal 16 April 1970.