Sekitar tahun 2002, Pemerintah Kabupaten Berau yang merupakan salah satu Kabupaten di bagian Wilayah Utara Provinsi Kalimantan Timur berinisiatif untuk membangun Sekolah Unggulan dalam rangka pengembangan sumber daya manusia melalui pendidikan formal khususnya di Jenjang Pendidikan Menengah (SMA), yang berlokasi di Kecamatan Sambaliung. Maka dibangunlah gedung beserta fasilitas pendukung operasional yang memakan waktu 2 tahun di atas tanah seluas kurang lebih 10.680 m2. Akhirnya pada tanggal 19 Juli 2004, Gubernur Provinsi Kalimantan Timur, bapak Suwarna AF meresmikan sekolah yang diberi nama SMA Plus Kabupaten Berau. Sekolah ini dipimpin oleh Drs. Eddy Darmawan, M.M.Pd. sebagai Kepala Sekolah pertama. Pada waktu itu siswa baru berjumlah 2 kelas rombongan belajar dan Tahun Pelajaran 2016/2017 sekolah ini telah memiliki 19 rombongan belajar yang siswanya adalah siswa terbaik SMP dari 13 Kecamatan yang ada di Kabupaten Berau serta dari luar daerah. Sesuai dengan Surat Keputusan Bupati Berau Nomor 475 tahun 2007 tanggal 8 Oktober 2007, maka nama SMA Plus Kabupaten Berau diubah menjadi SMA Negeri 4 Berau, dan pada tanggal 6 Oktober 2011 SMAN 4 Berau dipimpin oleh Ahmadong, S.Pd, M.Pd sebagai Kepala Sekolah hingga saat ini.