Universitas Muhammadiyah Makassar didirikan pada tanggal 19 Juni 1963 sebagai cabang dari Universitas Muhammadiyah Jakarta. Pendirian Perguruan Tinggi ini adalah realisasi dari hasil Musyawarah Wilayah Muhammadiyah Sulawesi Selatan dan Tenggara ke-21 di Kabupaten Bantaeng.

Pendirian tersebut didukung oleh Persyarikatan Muhammadiyah sebagai organisasi yang bergerak dibidang pendidikan dan pengajaran dakwah amar ma’ruf nahi munkar, lewat surat nomor : E-6/098/1963 tertanggal 22 Jumadil Akhir 1394 H/12 Juli 1963 M. Kemudian akte pendiriannya dibuat oleh notaries R. Sinojo Wongsowidjojo berdasarkan akta notaries Nomor : 71 tanggal 19 Juni 1963. Universitas Muhammadiyah Makassar dinyatakan sebagai Perguruan Tinggi Swasta terdaftar sejak 1 Oktober 1965.

Universitas Muhammadiyah Makassar (Unismuh Makassar) sebagai Perguruan Tinggi Muhammadiyah (PTM) mengemban tugas dan peran yang sangat besar bagi agama, bangsa dan negara, baik di masa sekarang maupun di masa depan. Selain posisinya sebagai salah satu PTM/PTS di Kawasan Timur Indonesia yang tergolong besar, juga padanya tertanam kultur pendidikan yang diwariskan sebagai amal usaha Muhammadiyah. Nama Muhammadiyah yang terintegrasi dengan nama makassar memberikan harapan terpadunya budaya, keilmuan dan nafas keagamaan.

Pada awal berdirinya, Universitas Muhammadiyah Makassar membina dua fakultas yakni fakultas keguruan dan seni jurusan bahasa Indonesia, dan fakultas keguruan dan ilmu pendidikan jurusan pendidikan umum (PU), dan pendidikan sosial (PS) yang dipimpin oleh rektor Dr. H. Sudan. Pada tahun yang sama (1963) Universitas Muhammadiyah Makassar telah berdiri sendiri dan dipimpin oleh rektor Drs. H. Abdul Watif Masri.

Perkembangan berikutnya Universitas Muhammadiyah Makassar pada tahun 1965 membuka fakultas baru yaitu: fakultas ilmu agama dan dakwah (FIAD), fakultas ekonomi (Fekon), fakultas sosial politik, fakultas kesejahteraan sosial, dan akademi pertanian. Selanjutnya tahun 1987 membuka fakultas teknik, tahun 1994 fakultas pertanian, tahun 2002 membuka program pascasarjana, dan tahun 2008 membuka fakultas kedokteran, dan sampai saat ini, Universitas Muhammadiyah Makassar telah memiliki 7 Fakultas 34 Program Studi dan Program Pascasarjana yang telah terkareditasi BAN-PT.

Universitas Muhammadiyah Makassar pada Tahun 2003 mengalami tahapan transisi sejarah perkembangan, berupa perubahan formasi kepemimpinan dengan bergabungnya generasi muda dan generasi tua. Pimpinan dan seluruh civitas akademika Universitas Muhammadiyah Makassar bertekad untuk memelihara hasil capaian para pendahulu dan mengembangkannya kepada capaian yang lebih baik, serta berkomitmen: (1) memelihara kepercayaan masyarakat, (2) mencapai keunggulan dalam kompetisi yang semakin ketat, dan (3) mewujudkan kemandirian dalam pengelolaan dan pengembangan diri. Dari ke tiga komitmen tersebut diharapkan dapat mengantar Universitas Muhammadiyah Makassar untuk menjadi Perguruan Tinggi Islam Terkemuka.